Search Everythingの開発が終了したようです。
https://wordpress.org/support/topic/search-everything-support-update/
Search Everythingを有効にしている環境でカスタムタクソノミー検索をダッシュボードの一覧画面に入れていたのですが、これがいつの間にか効かなくなっていました。
Search Everythingを無効化にすると動くようになることからSearch Everythingの影響のようです。
開発が終了したとのことでアップデートによる修正はないだろうなと思い以下の方法で対応しました。
Search Everythingのプラグイン本体ファイルを修正します。
/search-everything/search-everything.phpの278行目に以下を追加
if(empty($this->query_instance->query_vars['s'])) {
return $where;
}
