マークダウンの文法の中にHTMLを埋め込むことは可能なので、h1やpのタグで書くことが出来ます。
また、HTML5で追加された要素も指定することができるので、マークダウンでは物足りないという方にはおすすめです。

<h1>ここはh1</h1>
<h2>ここはh2</h2>
<p>ここはp<s>ここはs</s></p>
<p>ここはp<mark>ここはmark</mark>またp</p>
<p>
<ruby>
  海砂利水魚<rp>(</rp><rt>かいじゃりすいぎょ</rt><rp>)</rp>
  寿限無<rp>(</rp><rt>じゅげむ</rt><rp>)</rp>
</ruby>
</p>

ここはh1

ここはh2

ここはpここはs

ここはpここはmarkまたp

海砂利水魚(かいじゃりすいぎょ) 寿限無(じゅげむ)