MSIファイルはオプションを付けて実行することで挙動を制御できます。
Quietモード
msiexec /quiet /i hogehoge.msi
Quietモードでは、インストーラはGUIを起動せずに実行されます。
ログ取得
msiexec /l*v hogehoge.log /i hogehoge.msi
ログを取得するには/lオプションを利用します。後ろに続く*vは収集するログの種類を表しており、*はvを除く全てのパターン（ワイルドカード）を表しています。ひらたくいうと、全種類のログを集めるオプションです。
アンインストール
msiexec /x hogehoge.msi
インストール後にはこのコマンドでアンインストールできます。逆に、上までの例で用いてきた/i hogehoge.msiはインストールを表していました。
