GitHubのリポジトリをローカルにcloneする際にはGitHub Pages用のブランチ gh-pages はチェックアウトされません。
意図的にチェックアウトして上げる必要があります。
git clone git@github.com:username/my_repo.git git checkout --track -b gh-pages origin/gh-pages
参考
http://tokkono.cute.coocan.jp/blog/slow/index.php/programming/github-pages-workflow/
