testCompileとcompileを使いわけることでmain以下の依存ライブラリとtest以下の依存ライブラリを別々に設定できます。

dependencies {
    // junit
    testCompile group: 'junit', name: 'junit', version: '4.11'
    // selenium
    compile group: 'org.seleniumhq.selenium', name: 'selenium-java', version: '2.52.0'
}

上記の場合、junitはtestのみでimportできるようになります。

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