aws の s3 のコマンドラインでの操作ですが コマンドリファレンス
http://docs.aws.amazon.com/cli/latest/reference/s3/index.html
あとは aws コマンドが使えるようにして aws configure とかで設定してあげれば大丈夫だと思います。 例.
aws sync /hogehoge s3://mybucket/ --recursive #localのhogehogeディレクトリとS3のmybucketディレクトリを再帰的に同期する
