問題の状況

EGitでマージしたとき、

"Merging with refs/remotes/origin/features/shifting-holiday-schedule-merge" 中に内部エラーが発生しました。
Exception caught during execution of merge command. org.eclipse.jgit.errors.NoMergeBaseException: No merge base could be determined. Reason=CONFLICTS_DURING_MERGE_BASE_CALCULATION. "More than 200 merge bases for:
 a ea3d9cb8128413cde8e3145eb841e2a060599142
 b 8005abcddf1bdabe192714155671b8af9b6ded34 found:
  count 2"

とエラーが出てマージ出来ない現象に遭遇。

上手くいかなかった方法

コマンドではどうかと試してみたものの、

git merge origin/features/shifting-holiday-schedule-merge

Git Segmentation fault: 11 

とエラーが出て、こちらも実行できませんでした。
.git\index.lockが残ってしまっているので、以下のハックの通りに消しておきます。

EGit で Cannot lock index のエラーがでた場合の対処法

上手くいった方法

Github Desktopを使うと問題なくマージできました（メニューバーのBranchのMerge into “ブランチ名”からマージできます）

なお競合の解決にはEGitが使えました。EGitのマージツールを利用してみた

（エラーでぐぐるとEGitやgitのバージョンがどうこうと書いてあるので、バージョンを変えることでも解決するかもしれません）