MT:カテゴリアーカイブテンプレートでトップレベルカテゴリとサブカテゴリの表示を分ける

以下のようにすることで分岐できます。

<mt:HasNoParentCategory>
  トップレベルカテゴリの時に出力したい内容
<mt:Else>
  サブカテゴリの時に出力したい内容
</mt:Else>
</mt:HasNoParentCategory>