MySQLなどのデータベース管理システムには、ストレージエンジンが組み込まれています。
ストレージエンジンは、データベースにデータを書き込んだり読み込んだりするなど、クエリで命令した処理を実際にストレージファイル実行する役割を担っています。
MySQLには様々なストレージエンジンが最初から組み込まれています。その中でも特に有名なのが「InnoDB」と「MyISAM」です。
「InnoDB」と「MyISAM」の一番の違いとしては処理を行う際のロックの仕方です。
「InnoDB」は行ロックを行うことが可能であるのに対し、「MyISAM」はテーブルロックのみしか行えないようです。
またトランザクションの有無も違いの一つです。
InnoDB」はトランザクション機能をサポートしているのに対し、「MyISAM」はサポートしていません。
参考：http://shindolog.hatenablog.com/entry/2015/04/01/185703
