GAEのアプリケーションをLinux環境から自動的にデプロイするためのコマンドです。
Jenkinsなどに仕込めば自動的にデプロイを行ってくれるようになります。その際は適宜バージョン番号を変えてからデプロイするとよいかと思います。（GAEは10バージョンまでデプロイ可能です）
GAE_USER=hoge@test.com
GAE_PASS=hoge
expect -c "
set timeout -1
spawn /path/to/appengine-java-sdk/bin/appcfg.sh update /path/to/app/war --email=${GAE_USER} --passin
expect Email:\ ; send \"$GAE_USER\r\"
expect Password\ for\ $GAE_USER:\ ; send \"$GAE_PASS\r\"
interact
"
